การติดต่อทางการค้ากับชาวอาหรับ อินเดีย และเปอร์เซียทำให้ศาสนาอิสลามเผยแพร่มาสู่ดินแดนประเทศมาเลเซียในสมัยต่อมา ชนชั้นผู้ปกครองเจ้าผู้ครองอำนาจในมาเลเซียจึงหันมารับนับถือศาสนาอิสลาม ดำรงตำแหน่งเป็นสุลต่าน
ในคริสต์ศตวรรษที่ 15 รัฐสุลต่านมะละกา เป็นศูนย์กลางทางการเมืองและวัฒนธรรมในโลกทัศน์ของชาวมลายู ในเวลาเดียวกันนักสำรวจชาวยุโรปมาถึงยังดินแดนภูมิภาคนี้ นำไปสู่การเผชิญหน้าทางการทหารและชาวโปรตุเกสเข้ายึดเมืองมะละกาได้ใน พ.ศ. 2054
เมื่อรัฐมะละกาล่มสลายศูนย์กลางทางการเมืองของมลายูจึงย้ายไปอยู่ที่รัฐสุลต่านยะโฮร์ ในขณะที่รัฐต่าง ๆ ในภาคเหนือของมลายูเช่นไทรบุรี กลันตัน ตรังกานู ตกอยู่ภายใต้อิทธิพลของสยามอาณาจักรอยุธยาและรัตนโกสินทร์ ในสมัยต่อมาชาวฮอลันดาเข้ามามีอำนาจแทนที่ชาวโปรตุเกส ต่อตามมาด้วยชาวอังกฤษ นำไปสู่สนธิสัญญาอังกฤษ-ฮอลันดาปี พ.ศ. 2367 (Anglo-Dutch Treaty of 1824) แบ่งเขตอิทธิพลระหว่างสองอำนาจ ดินแดนส่วนของอังกฤษที่มาจากสนธิสัญญานี้จะกลายเป็นประเทศมาเลเซียในที่สุด อังกฤษจัดตั้งอาณานิคมขึ้นที่สิงคโปร์และปีนัง เรียกว่า อาณานิคมช่องแคบ ใน พ.ศ. 2438 รัฐทั้งสี่รัฐได้แก่ปะหัง เปรัก เซอลาโงร์ และเนอเกอรีเซิมบีลัน ทำสนธิรัญญายินยอมเข้าเป็นรัฐในอารักขาของอังกฤษ นำไปสู่การจัดตั้งสหพันธรัฐมลายู และอาณานิคมมลายาของอังกฤษ ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัฐทั้งสี่ได้แก่ไทรบุรี กลันตัน ตรังกานู และปะลิส เข้ามาอยู่ในอิทธิพลของอังกฤษ
ในสมัยสงครามโลกครั้งที่สองทัพญี่ปุ่นเข้ายึดครองอาณานิคมมลายาของอังกฤษเป็นเวลาชั่วคราว หลังจากสงครามโลกครั้งที่สองอังกฤษเข้ามาพยายามฟื้นฟูระบอบการปกครองของอาณานิคมตามเดิม แต่เกิดกระแสชาตินิยมขึ้นนำไปสู่การปะทะทางทหารเพื่อปลดแอกมาเลเซียจากอังกฤษเรียกว่า ภาวะฉุกเฉินมลายา ซึ่งพรรคคอมมิวนิสต์มลายา เป็นแกนนำหลักในการต่อสู้เพื่อเรียกร้องเอกราช แม้ว่าอังกฤษจะได้รับชัยชนะในการต่อสู้กับพรรคคอมมิวนิสต์ แต่มาเลเซียก็ได้รับเอกราชในที่สุดในวันที่ 31 สิงหาคม พ.ศ. 2500 ประเทศมาเลเซียก่อตั้งขึ้นภายใต้ผู้นำตุนกู อับดุล ระฮ์มัน ความพยายามของอาณานิคมบอร์เนียวเหนือซึ่งประกอบด้วยซาบะฮ์และซาราวักในการที่จะเข้าร่วมกับประเทศมาเลเซียนำไปสู่สงครามระหว่างมาเลเซียและอินโดนีเซีย มาเลเซียชนะสงครามและสามารถผนวกเอาดินแดนภาคเหนือของเกาะบอร์เนียวมารวมเข้ากับประเทศมาเลเซียได้สำเร็จ
ความขัดแย้งทางเชื้อชาติระหว่างชาวมลายูกับชาวจีนนำไปสู่การขับสิงคโปร์ออกจากประเทศมาเลเซียใน พ.ศ. 2508 นายกรัฐมนตรีอับดุลระฮ์มันออกกฎหมายเอื้อประโยชน์ทางเศรษฐกิจแก่ ภูมิบุตร หรือชาวมลายูท้องถิ่นดั้งเดิม ในสมัยของนายกรัฐมนตรีมาฮาดีร์ บิน โมฮามัด เศรษฐกิจของมาเลเซียเจริญเติบโตขึ้น
