ประวัติศาสตร์ของอินโดนีเซียและมาเลเซียมักเชื่อมโยงกันอยู่เสมอ ตลอดช่วงเวลาในอดีต พรมแดนของอาณาจักรและจักรวรรดิ เช่น ศรีวิชัย มัชปาหิต มะละกา และยะโฮร์-เรียว มักครอบคลุมทั้งสองประเทศในปัจจุบัน เป็นเวลาหลายศตวรรษที่ความสัมพันธ์ การอพยพ และการติดต่อระหว่างชาวอินโดนีเซียและมาเลเซียมีความใกล้ชิด และเป็นเรื่องปกติที่ชาวมาเลเซียจะสืบหาญาติในอินโดนีเซียและในทางกลับกัน
การอพยพของชาวอินโดนีเซียมายังมาเลเซียสามารถสืบย้อนกลับไปได้ตั้งแต่ก่อนยุคอาณานิคม โดยเฉพาะในสมัยการปกครองของศรีวิชัยและมัชปาหิต กษัตริย์องค์แรกของสุลต่านมะละกามีเชื้อสายจากเจ้าชายศรีวิชัยชื่อ สัง นีละ อุตามะ จากเมืองปาเล็มบัง การแต่งงานระหว่างเชื้อชาติ เช่น การแต่งงานระหว่างสุลต่านมันซูร์ ชาห์แห่งมะละกากับเจ้าหญิงราดิน กาลูห์ จันดรา กิรานาแห่งมัชปาหิต ถูกบันทึกไว้ในพงศาวดารมลายู ข้อความทางประวัติศาสตร์อื่น ๆ เช่น Tuhfat al-Nafis (หรือที่รู้จักว่า Sejarah Melayu dan Bugis) ก็ได้กล่าวถึงความสัมพันธ์ระหว่างสุลต่านต่าง ๆ ของยะโฮร์-เรียว เคดะห์ เปรัก สลังงอร์ ปะหัง และตรังกานู กับชายฝั่งตะวันออกและตะวันตกของสุมาตราและกาลิมันตัน
ในช่วงการยึดครองของอังกฤษ มาเลเซียถูกผนวกรวมเข้าสู่ตลาดสินค้าและทุนโลก กลายเป็นแหล่งทรัพยากรสำหรับเจ้าอาณานิคม และเริ่มเผชิญปัญหาการขาดแคลนแรงงาน อังกฤษจึงมองหาแรงงานจากประเทศต่าง ๆ เช่น อินเดียและจีน ชาวอินโดนีเซียกลายเป็นแหล่งแรงงานลำดับที่สาม และอังกฤษมองและปฏิบัติต่อพวกเขาแตกต่างจากชาวอินเดียและจีน เพราะถือว่าพวกเขาเป็นเชื้อชาติเดียวกับชาวมาเลย์
หลังการปลดแอกอาณานิคม รัฐบาลเช่นเดียวกับสถาบันการเมืองในระบอบประชาธิปไตย พยายามรักษาความชอบธรรมผ่านการเลือกตั้ง ซึ่งมีผลต่อการสร้างแรงจูงใจและขยายฐานสนับสนุน โดยการจัดประเภทผู้อพยพชาวอินโดนีเซีย (เช่น ชวา มินังกาเบา บูกิส บาเวียน บันจาร์ มันดาอิลิง อาเจะห์ และอื่น ๆ) ให้เป็นชาติพันธุ์มาเลย์ พรรคการเมือง UMNO จึงสามารถขยายฐานมวลชนได้ เหตุผลของการจัดประเภทและเกณฑ์ของชาติพันธุ์มาเลย์ในรัฐธรรมนูญมาเลเซียเป็นการสร้างทางสังคมและประวัติศาสตร์
ด้านประวัติศาสตร์นี้มีอยู่เพราะอัตลักษณ์ที่กำหนดไว้ในรัฐธรรมนูญมาเลเซียมีมาตั้งแต่สมัยสุลต่านมะละกา แตกต่างจากชาว โอรัง อัสลี หรือชาวดายัก ดังนั้นใครก็ตามที่ตรงตามเงื่อนไขทางสังคมและศาสนาของชาวมาเลย์ก็จะถูกจัดว่าเป็นชาวมลายู (ชาติพันธุ์)
